邓迪大学的根源于邓迪和圣安德鲁大学组成的学院联盟。
19世纪邓迪人口的增长使得市内对建立高等教育设施的呼声越来越强。一些组织开始促进高校的建设,其中包括大学俱乐部。与此同时圣安德鲁大学和苏格兰其它大学均蒙受经济困难。而且圣安德鲁大学位置偏僻,比较孤立,规模也小,使得它更加面临困境。因此有人建议把校址迁移到邓迪去。
2005年10月邓迪大学成为英国的第一个联合国教育、科学及文化组织中心。这个水利法学、政策和科学中心为联合国研究世界水资源的管理。
2000年代里主校园进行大规模修缮,建造了一系列新建筑,改建了许多老建筑。2007年学校庆祝独立40周年。主图书馆和体育中心计划大规模扩建,一系列新学生宿舍开始运行。教育和社会工作学院获得了一座新建筑,取代了原来城东的校园。